Kính hiển vi được phân loại dựa trên nguyên lý hoạt động của kính hiển vi và có thể được chia thành kính hiển vi phân cực, kính hiển vi quang học, kính hiển vi điện tử và kính hiển vi kỹ thuật số.
1. Kính hiển vi phân cực là loại kính hiển vi được sử dụng trong các viện nghiên cứu vật liệu dị hướng trong suốt và đục, có ứng dụng quan trọng trong các ngành khoa học kỹ thuật như địa chất.
2. Kính hiển vi quang học thường bao gồm các bộ phận quang học, bộ phận chiếu sáng và bộ phận cơ khí. Kính hiển vi quang học có thể phóng đại vật thể lên 1600 lần, với giới hạn độ phân giải tối thiểu là 0,1 micromet.
3. Kính hiển vi điện tử có đặc điểm cấu trúc cơ bản tương tự như kính hiển vi quang học, nhưng có khả năng phóng đại và phân giải vật thể cao hơn nhiều, sử dụng dòng electron làm nguồn sáng mới để chụp ảnh vật thể.
4. Kính hiển vi cầm tay chủ yếu là sự mở rộng của loạt kính hiển vi kỹ thuật số và kính hiển vi video đã phát triển trong những năm gần đây
